یک تفاوت عمده بین Touch ID و Face ID وجود دارد، علاوه بر اینکه Touch ID سنسور اثرانگشت است و Face ID سنسور تشخیص چهره، جالب است بدانید که سنسور اثرانگشت از امکان شناسایی چندین کاربر پشتیبانی می‌کند، در حالی‌که سنسور تشخیص چهره فقط توانایی شناسایی چهره یک کاربر را دارد.
در Touch ID می‌توان چندین اثرانگشت را ثبت کرد و همچنین می‌توان یک انگشت را از زوایای مختلف اسکن کرد تا کاربر راحت‌تر بتواند قفل آیفون را باز کرده و وارد گوشی شود. این قابلیت را می‌توان طوری تنظیم کرد که تعداد بیشتری کاربر بتوانند اثر انگشت خود را به Touch ID معرفی کنند.
در حالی‌که برخی از کاربران آیفون 10 ترجیح می‌دهند قابلیت Face ID هم توانایی پشتیبانی از شناسایی چندین چهره را داشته باشد (برای مثال زن و شوهرهایی که به هم اطمینان دارند بتوانند با استفاده از این قابلیت وارد گوشی یکدیگر شوند) اما چنین امکانی حتی در آینده هم پیش بینی نشده است.
کریگ فدریگی، قائم مقام بخش نرم افزار اپل، که در مراسم سالانه قابلیت Face ID آیفون را معرفی کرد، در Reddit اعلام کرد که اپل قصد دارد به تمرکز خود بر روی امکان تشخیص هویت تنها یک کاربر در Face ID ادامه دهد.
«ما در حال حاضر بر روی امکان تشخیص و تایید تنها یک کاربر در Face ID تمرکز خواهیم کرد. حتی در Touch ID هم قرار نبود از چند اثرانگشت برای تایید هویت پشتیبانی شود. قرار بود تنها صاحب گوشی بتواند در هر دو دست خود یک انگشت شست را برای Touch ID معرفی کند. اما اکنون چند کاربر با تعریف و ثبت اثر انگشت خود می‌توانند وارد آیفون شوند.》
بر اساس گفته‌های فدریگی، Face ID از امنیت بالایی برخوردار است و دقیقا به دلیل همین حفظ امنیت، امکان تعریف چندین چهره برای آن در نظر گرفته نشده است.